#Presentación Este documento presenta gráficos generados a partir de los datos de COVID-19 en Costa Rica compartidos por el Ministerio de Salud en https://geovision.uned.ac.cr/oges/.

Entradas

Datos generales de casos

covid_nacional <-
  read_delim(
    file = "05_24_22_CSV_GENERAL.csv",
    delim = ";",
    col_select = c("FECHA", "positivos", "fallecidos", "RECUPERADOS", "activos")
  )
## Rows: 810 Columns: 5
## -- Column specification --------------------------------------------------------
## Delimiter: ";"
## chr (1): FECHA
## dbl (4): positivos, fallecidos, RECUPERADOS, activos
## 
## i Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## i Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.
covid_cantonal_positivos <-
  read_delim(
    file = "05_24_22_CSV_POSITIVOS.csv",
    delim = ";",
    locale = locale(encoding = "WINDOWS-1252"), # esto es para resolver el problema con las tildes
    col_select = c("canton", "24/05/2022")
  )
## Rows: 84 Columns: 2
## -- Column specification --------------------------------------------------------
## Delimiter: ";"
## chr (1): canton
## dbl (1): 24/05/2022
## 
## i Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## i Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.

Procesamiento

Opciones generales

options(scipen = 7)

Curación de datos

# Transformación de datos nacionales de covid-19
covid_nacional <-
  covid_nacional %>%
  select(fecha = FECHA,
         positivos,
         fallecidos,
         recuperados = RECUPERADOS,
         activos) %>%
  mutate(fecha = as.Date(fecha, format = "%d/%m/%Y"))

# Transformación de casos positivos de covid-19 por cantón
covid_cantonal_positivos <-
  covid_cantonal_positivos %>%
  rename(positivos = '24/05/2022')

Salidas

Casos a nivel nacional

Tabla

# Visualización de datos nacionales de covid-19 en formato tabular
covid_nacional %>%
  datatable(options = list(
    pageLength = 20,
    language = list(url = '//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json')
  ))

Gráfico de líneas

# ggplot2 - gráfico de línea
covid_nacional %>%
  ggplot(aes(x = fecha, y = value, color = variable)) +
  ggtitle("Casos acumulados de covid-19 en Costa Rica") +
  xlab("Fecha") +
  ylab("Casos") +
  geom_line(aes(y = positivos, color = "Positivos")) +
  geom_line(aes(y = recuperados, color = "Recuperados")) +
  geom_line(aes(y = activos, color = "Activos")) +
  geom_line(aes(y = fallecidos, color = "Fallecidos")) +
  scale_colour_manual(
    "",
    values = c(
      "Positivos" = "blue",
      "Recuperados" = "green",
      "Activos" = "red",
      "Fallecidos" = "black"
    )
  )

Casos a nivel cantonal

Positivos

Tabla
# Visualización de casos positivos de covid-19 por cantón en formato tabular
covid_cantonal_positivos %>%
  datatable(options = list(
    pageLength = 20,
    language = list(url = '//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json')
  ))
Gráfico de barras
ggplot2_barras_identity <-
covid_cantonal_positivos %>%
  slice_max(positivos, n = 15) %>% # se seleccionan los 15 cantones con mayor cantidad de casos
  ggplot(aes(x = reorder(canton, positivos), y = positivos)) +
  geom_bar(stat = "identity") +
  ggtitle("Cantidad de casos positivos de covid-19 por cantón") +
  xlab("Cantón") +
  ylab("Casos positivos") +
  coord_flip() + # se invierten los ejes para generar barras horizontales
  theme_minimal()

ggplotly(ggplot2_barras_identity) %>% config(locale = 'es')